Fakultas Ekonomi Universtias Muhammadiyah Magelang telah berdiri sejak tanggal 31 Agustus 1964 yang merupakan cabang dari Universitas Muhammadiyah Jakarta berdasarkan SK. Rektor Universitas Muhammadiyah Jakarta nomor : 8/Um/X/65 tanggal 10 Maret 1965. Pada tahun 1967 berdasarkan SK. Dirjen Pendidikan Tinggi RI Nomor : 68/B-swt/P.1967 tanggal 10 juli 1967 mendapatkan status terdaftar dan berdiri sendiri.

Perkembangan yang kurang menguntungkan, aktivitasnya sempat terhenti dan aktif kembali pada tahun 1977, sebelum berafiliasi pada kopertis Wilayah VI Jawa Tengah, mulanya menginduk pada Fakultas Ekonomi Gajah Mada dan jenjang program yang dilaksanakan hanya program sarjana muda jurusan manajemen perusahaan.

Tahun 1982 membuka program doktoral jurusan manajemen perusahaan dan pada tahun 1994 berdasarkan SK Dirjen Dikti RI Nomor : 195/DIKTI/Kep/1994 tanggal 09 Juli 1994 Jurusan Manajemen Program Studi Manajemen Perusahaan memeperoleh kenaikan status dari terdaftar menjadi diakui.